Die Kleintierklinik wird von der Spitalleitung, bestehend aus der Ärztlichen Leiterin (Prof. Dr. med. vet. Simone Schuller), der Leiterin Pflege (Dr. med. vet. Helene Rohrbach) geführt und der Leiterin Controllling, Finanzen und Prozesse (Basak Ginsbourger) geführt. Die Spitalleitung zeichnet sich verantwortlich für den operativen Spitalbetrieb. Sie funktioniert als Kollektivgremium. Der Vorsitz der Spitalleitungssitzungen liegt bei der Ärztlichen Leiterin.